Implementação do Modelo de Dados OMOP

Modelagem OMOP e ferramentas OHDSI

3^a edição

Resumo:

A iniciativa da Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) em conjunto com a sua sequência, a Observational Health Data Sciences and Informatics (OHDSI), redefiniram a área de pesquisa observacional em dados de saúde trazendo a possibilidade de realizar análises sistemáticas em grandes massas de dados provindas de diversas fontes, através da definição de um modelo comum de dados, de mecanismos para tratamento de diferentes vocabulários, e da disponibilidade de um conjunto de ferramentas de software livre para análise dos mesmos. Com estas ferramentas espera-se alavancar o levantamento de evidências na área médica e a avaliação de terapias e procedimentos no mundo real, para apoiar a pesquisa clínica em geral.

A OHDSI pode ser vista como uma comunidade de ciência aberta que busca ativamente a reprodutibilidade na geração de evidências médicas. Defende uma mudança de paradigma, da pesquisa médica orientada a um estudo único com uma única estimativa, para a geração sistemática de evidências em larga escala. Estas evidências se concentram em estimar estatisticamente os efeitos de intervenções e tratamentos a partir dos dados de fontes de saúde do mundo real, tendo como premissa patamares de ocorrência conhecidos.

O objetivo deste curso é apresentar a OHDSI e se aprofundar nos aspectos práticos e teóricos do modelo comum de dados (Common Data Model - CDM), os vocabulários padronizados, as ferramentas de geração e análise aplicadas na base OMOP, definir conceitos, coortes, estudos e compartilhar análises de forma prática com o uso de exemplos com dados do mundo real.

Espera-se que, ao final do curso, os participantes tenham uma visão geral da plataforma e ferramentas OHDSI e sejam capazes de: i) de compreender o modelo comum de dados (CDM-OMOP), ii) ter uma visão dos vocabulários, da definição e utilização dos conceitos, iii) entender o processo de definição de uma coorte e a visualização dos dados assistenciais, fomentando assim uma pesquisa observacional de alto nível e iv) iniciar dentro de suas organizações projetos envolvendo o uso dessas ferramentas para análise de dados com o modelo OMOP.

Objetivos:

O objetivo deste curso é:

●      Apresentar a comunidade OHDSI e as iniciativas de seus grupos globais;

●      Apresentar e discutir o modelo comum de dados (Common Data Model - CDM);

●      Conhecer e aplicar os vocabulários padronizados (ATHENA e USAGI);

●      Apresentar as ferramentas de análise da base OMOP (ATLAS);

●      Condução de atividades práticas para implementação de bases OMOP com dados reais do DATASUS: Uso da ferramenta WhiteRabbit e Rabbit-In-a-Hat para orientação do ETL;

●      Condução de atividades práticas para realização de estudos descritivos usando o Atlas e dados reais do DATASUS.

Público-alvo:

Pesquisadores, detentores de dados, epidemiologistas, estatísticos, cientistas da computação, clínicos e todos que estão tentando gerar evidências a partir de dados observacionais de saúde e que gostariam de participar no estabelecimento e aplicação de melhores práticas científicas em sua pesquisa.

Inscrições:

Será realizada na plataforma Sympla – https://www.sympla.com.br/evento-online/modelagem-omop-e-ferramentas-ohdsi-3a-edicao/2237109

Docentes:

Ø  Maria Tereza Fernandes Abrahão - http://lattes.cnpq.br/2225365653431535

Ø  Pablo Jorge Madril - http://lattes.cnpq.br/3754025742889039

Ø  Júlio Cesar Barbour Oliveira – https://www.linkedin.com/in/julio-cesar-barbour-oliveira-357188180/

Ø  Tulio Sarmento - https://www.linkedin.com/in/tuliosarmento/

Estrutura do Curso:

A duração do curso é de 10 (dez) semanas para teoria e prática, com 1 aula de 1 hora e 30 minutos por semana, sempre às terças feiras com início às 19h.

O material será disponibilizado para estudo assíncrono previamente às aulas para que aumente a experiência de participação.

Durante as aulas síncronas serão discutidas teoria e prática, sempre com a participação dos professores.

Será disponibilizado durante todo o curso acesso a uma aplicação do Atlas com dados do DATASUS para os estudantes explorarem os dados.

Ao final do curso, os alunos serão convidados a apresentar um projeto feito em grupo relacionado ao conteúdo apresentado no curso.

As aulas foram distribuídas nos seguintes módulos e tópicos:

Módulo 1 (20/02/2024) – Maria Tereza, Pablo e Julio:

                i.         Introdução: OMOP/OHDSI

              ii.         Modelo comum de dados (Common Data Model – CDM)

             iii.         Breve introdução ao Atlas e OMOP do DATASUS

             iv.         Orientação para “Projeto de criação de estudo descritivo”

Módulo 2 (27/02/2024) - Maria Tereza e Pablo:

              v.         Vocabulários padronizados OMOP

Apresentação do site ATHENA: permite a pesquisa e download dos vocabulários padronizados. É um recurso a ser utilizado, não uma ferramenta de software a ser instalada. 

Módulo 3 (05/03/2024) - Maria Tereza e Pablo:

             vi.         Mapeamento dos Vocabulários local para o padrão OMOP

a.     Tipos de mapeamentos

b.     Download e uso do USAGI: ferramenta de software usada para auxiliar no processo de mapeamento de códigos de um sistema de origem em terminologias padronizadas para serem utilizados nos ETL (extract, transform, load) para o CDM.

Módulo 4 (12/03/2024) – Julio Barbour e Tulio:

            vii.         Mapeamento dos dados (ETL)

          viii.         Aula Prática ETL I: Conduzindo um processo de ETL para modelo OMOP com dados do DATASUS: WhiteRabbit e Rabbit-In-a-Hat

Módulo 5 (19/03/2024) - Maria Tereza e Pablo:

             ix.         Apresentação do ATLAS: ferramenta gratuita, disponível publicamente e baseada na web, desenvolvida pela comunidade OHDSI que facilita o projeto e a execução de análises em dados observacionais padronizados, no nível do paciente, no formato CDM

              x.         Definir conjuntos de conceitos (concept_sets)

             xi.         Caracterizar coortes

            xii.         Tipos de estudos/análises

          xiii.         Suporte para “Projeto de criação de estudo descritivo”

Módulo 6 (26/03/2024) - Julio Barbour e Tulio:

          xiv.         Aula Prática Estudo RWE I: Conduzindo estudos descritivos no Atlas com dados do DATASUS: Explorando banco de dados e definido conceitos

           xv.         Suporte para “Projeto de criação de estudo descritivo”

Módulo 7 (02/04/2024) - Julio Barbour e Tulio:

          xvi.         Aula Prática Estudo RWE II: Conduzindo estudos descritivos no Atlas com dados do DATASUS: Criando coortes e analisando jornadas de pacientes

         xvii.         Suporte para “Projeto de criação de estudo descritivo”

Módulo 8 (09/04/2024) - Maria Tereza, Pablo e Julio:

        xviii.         Apresentação final do curso – Perspectivas futuras do uso do OMOP no Brasil e no Mundo – Julio Barbour

          xix.         Dúvidas/debates

           xx.         Suporte para “Projeto de criação de estudo descritivo”

Avaliação:

Apresentação do trabalho final de conclusão do curso e entrega de documentação sobre racional do estudo, em 16 e 23 de abril de 2024.

Certificado: pelo menos 75% de presença nas aulas síncronas e apresentação e entrega do trabalho em grupo.

Informações sobre o curso:

[email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected]

Início das Aulas - 20/02/2024

Previsão de término das aulas - 23/04/2024