Inaugurado em 2022, o MCI se constitui como uma instituição museológica de caráter dialógico, participativo e de expressão de diversas vozes e culturas indígenas. Criado com o propósito de articular, pesquisar, fortalecer e comunicar as histórias e memórias de resistência e resiliência indígenas, a arte indígena e produções artísticas, intelectuais e tecnológicas dos diversos povos e etnias indígenas em São Paulo.
O MCI é uma conquista dos povos indígenas, um espaço de diálogo intercultural entre povos indígenas e não indígenas, onde a memória da ancestralidade permite, aos diversos povos originários, compartilhar suas ideias, saberes, conhecimentos, filosofias, músicas, artes, memórias e histórias. Por meio da arte e da cultura, o Museu das Culturas Indígenas demarca a presença indígena na paisagem cultural do Estado de São Paulo e do Brasil.