A Santa Casa de Fernandópolis é um complexo hospital de grande porte que presta atendimento nos níveis secundário e terciário ao Sistema Único de Saúde (SUS), planos de saúde e particulares. É referência para a região Noroeste do Estado de São Paulo, além de atender cidades das regiões de Mato Grosso, Minas e Goiás, em razão de suas características voltadas para o atendimento de alta complexidade.
Certificada como Hospital de Ensino por meio da Portaria Interministerial número 1.635, de 6 de agosto de 2013, a Santa Casa de Fernandópolis foi credenciada pelos Ministérios da Educação e da Saúde para atuar como Hospital Ensino, servindo como campo de estágio para os cursos de Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia, Serviço Social, Bioquímica, Medicina e residência em moldes de internato.